《有机化学》是化学学科的一个重要分支，她与石河子大学的建校历史一样悠久，在石河子大学的发展过程中起着重要作用。随着石河子大学办学规模的扩大，《有机化学》课程最初开课不到10个专业，到目前为止，已经是农学、植保、农业资源与环境、园艺、林学、动物科学、动物医学、生物科学、生物技术、食品科学与工程、药学、临床医学、化学、应用化学等20多个专业的一门重要基础课，每年承担70 余个班级，2000多人的教学任务。 为了满足不同专业对化学知识的需求，该课程按学生层次进行教学模式探究，以“加强基础，突出核心，注重实践，整体优化”的原则，对本课程实行“一课多纲”制，建立了化学类有机化学课程理论和实验教学大纲（90+72学时），化工类有机化学课程理论和实验教学大纲（90+72学时）、药学类有机化学课程理论和实验教学大纲（90+36学时）、农学类有机化学课程理论和实验教学大纲（54+27学时）和医学类有机化学课程理论和实验教学大纲（54+24学时）。通过开展第二课堂教学活动，改进实验教学内容、教学方法，倡导“绿色化学”理念，既能强化学生的基本操作技能，又突出了环保意识；总之，通过在教学中实践，既满足了各专业对化学知识的需求，又凸现了本课程的特色，取得了优良的教学效果，对学生素质的培养和教学质量的提高起着至关重要的作用。 自20世纪九十年代至今，有机化学课程建设有了新的发展，课程建设效果明显。《有机化学》1998年被评为院级优秀课程，1999年被评为石河子大学一类课程，2005年被评为石河子大学精品课程，2006年被评为新疆维吾尔自治区精品课程。目前正迈向国家精品课程建设。